本系統的GPS模塊采用摩托羅拉的M12T。該模塊能同時跟蹤12顆衛星，1PPS定時精度小于20ns。它配有后備電池，在主電源關閉后數據和時間信息將被保留，這時下一次初始定位時間（TTFF）將小于50s。它的冷啟動定位時間(TIFF)小于200s。
系統硬件設計方面由32位高性能微處理器ARM9負責接收GPS模塊時間、軟件運算和部分串行接口，其它的串行接口和所有的對時脈沖信號均由FPGA輸出，具有很強的靈活性。

GPS北斗二代雙模時鐘系統技術特點：
1、輸出精度：本系統的GPS模塊的秒脈沖輸出精度小于20ns，考慮到光耦及電平驅動器的延遲，輸出精度小于100ns。所有脈沖輸出信號都是由FPGA實現的，因此對于各路脈沖信號在線路板上的傳輸延遲都可以通過配置工具進行補償，使得輸出信號的精度穩定在100ns以內。
2、守時精度：當GPS失星后，本系統輸出守時時間。內部守時時鐘源采用高穩定恒溫晶體振蕩器，通過頻率跟蹤技術，使守時精度達到200us/天。
3、防雷設計：實現了三方面的防雷設計，一是電源防雷設計；二是GPS天線防雷設計；三是485串口和差分脈沖信號的接口防雷設計。
4、NTP功能：系統提供兩個獨立10/100M網口，均具有NTP輸出功能，可同時實現兩個獨立網絡的校時，訪問方式也可采用廣播方式。GPS北斗二代雙模時鐘系統端口以及廣播方式的時間間隔均可以通過配置工具進行設置。
5、遠程配置和升級：與系統相配套的配置工具，通過以太網可以對系統進行遠程配置，包括程序更新、修改裝置網絡配置、在線調試、配置串口報文規約、選擇授時脈沖信號類型(IRIG-B碼、DCF77或PPS/PPM/PPH脈沖)、擴展信號補償（擴展板的位置不一樣，延遲不一樣）。每塊擴展板都是相互獨立的，可以根據不同的需求配置不同的規約，*擺脫了傳統的GPS同步時鐘只發一種對時規約的束縛，增強了系統的適應性。
6、在線監測：系統的運行情況可以通過配置工具進行遠程在線監測。GPS接收裝置通過以太網與配置工具相連，就可以遠程查詢系統的時間、同步脈沖正常/丟失、同步時間源有效/無效、當前時間源（GPS/北斗/守時）、守時時長、守時精度、恒溫晶振的頻率、GPS模塊狀態、以及各個擴展板的運行情況。
7、E1地面同步網接口：E1地面時間同步網主要是利用現有的2M網絡，分別在主站和從站高阻跨接本裝置，通過以太網精密時間協議IEEE1588實現從站與主站的時鐘同步。正常情況下，系統輸出GPS北斗時間；當GPS北斗失星以后，系統輸出地面同步網的時間，預計同步精度達到5us。