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溫度對除磷效果的影響不是很明顯，因為在高溫、中溫、低溫條件下，有不同的菌群都具有生物除磷的能力，但低溫運行時厭氧區的停留時間要更長一些，以保證發酵作用的完成及基質的洗手。試驗表明在5-30℃的范圍內，都可以得到很好的除磷效果。
pH值的變化可以引起細胞膜電荷的變化，從而影響微生物對營養物質的吸收，還可以影響代謝過程中酶的活性，改變生長環境中營養物質的可給性和有害物質的毒性。試驗證明，pH值在6.5～8.0的范圍內時，磷的厭氧釋放比較穩定。pH值低于6.5時生物除磷的效果會大大下降，因為厭氧段，低pH值抑制了細胞吸收營養質的過程，從而抑制磷的釋放，不利于除磷。
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由于生物除磷系統主要是通過剩余污泥去除磷的，因此剩余污泥量的多少將決定系統的除磷效果。而泥齡的長短對污泥的攝磷作用及剩余污泥的排放量有著直接的影響。一般來說，泥齡越短，污泥含磷量越高，排放的剩余污泥量也越多，越可以取得較好的除磷效果。短的泥齡還有利于好氧段控制硝化作用的發生（因為硝化菌泥齡較長），而防止回流時將硝化作用產生的硝態氮帶入厭氧段而影響其充分釋磷，因此，僅以除磷為目的的污水處理系統中，一般宜采用較短的泥齡。但過段的泥齡會影響出水的BOD5和COD，可能會使出水的BOD5和COD達不到要求。資料表明，以除磷為目的的生物處理工藝泥齡一般控制在3.5～7d。
另外，一般來說厭氧區的停留時間較長（HRT≤2h），除磷效果越好。但過長的停留時間并不會太多的提高除磷效果，且會有利于絲狀菌的生長，使污泥的沉淀性能惡化，因此厭氧段的停留時間不宜過長。同時，剩余污泥的處理方法也會對系統的除磷效果產生影響，因為污泥濃縮池中呈厭氧狀態會造成聚磷菌的釋磷，使濃縮池上清液和污泥脫水液中含有高濃噸的磷，此時回流至厭氧區的聚磷菌即減弱了釋磷的能力，也就不利于伺候的好氧攝磷效果。因此有必要采取合適的污泥沉淀、回流方法，避免磷釋放的效率降低。
