精確DNA甲基化測序技術(shù)可應(yīng)用于高通量測序平臺(如全基因組甲基化測序oxWGBS、簡化的甲基化測序oxRRBS等常規(guī)測序技術(shù));Infinium 450 K芯片檢測平臺;焦磷酸測序和靶基因檢測等不同平臺。對于全面研究胚胎發(fā)育、衰老機(jī)制、疾病發(fā)生發(fā)展的表觀遺傳機(jī)制和篩選疾病相關(guān)的甲基化標(biāo)記位點具有重要的意義。
精確DNA甲基化測序技術(shù)
數(shù)據(jù)解讀分析內(nèi)容
- 基本數(shù)據(jù)處理
- 原始數(shù)據(jù)評估,去除接頭與過濾低質(zhì)量數(shù)據(jù);
- reads數(shù)量以及數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計。
- 基礎(chǔ)生物學(xué)信息分析
- 將測序數(shù)據(jù)與參考基因組比對,統(tǒng)計比對結(jié)果;
- 基于比對結(jié)果,統(tǒng)計各C位點的甲基化修飾信息;
- 測序數(shù)據(jù)的堿基覆蓋深度及覆蓋度統(tǒng)計;
- 胞嘧啶(CG、CHG、CHH)甲基化水平統(tǒng)計;
- 基因組甲基化分布及修飾特征分析;
- 高級生物學(xué)信息分析
- 結(jié)合項目背景的差異甲基化修飾位點(DMS)的鑒定、注釋和分布分析;
- 結(jié)合項目背景的差異甲基化修飾區(qū)域(DMR)的鑒定、注釋和分布分析;
- 結(jié)合項目背景的差異甲基化修飾基因的功能、通路和疾病等富集分析;
- 結(jié)合項目背景,與其他多組學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析。
樣本要求
- 樣品類型:無降解,無污染的DNA樣品;
- 樣品需求量:≥3μg;單個樣品構(gòu)建2個不同的文庫;
- 樣品濃度:≥30 ng/μl;
- 樣品純度:OD260/280=1.8~2.0