真核轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)是針對真核生物特定組織或細胞在某個特定時期轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA進行測序。既可研究已知基因，亦能發(fā)掘新基因，全面快速地獲得mRNA序列和豐度信息。可以分為：有參考轉(zhuǎn)錄組和無參考轉(zhuǎn)錄組測序。

真核轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)數(shù)據(jù)解讀分析內(nèi)容

1. 有參轉(zhuǎn)錄組標準信息分析
   • 對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理
   • 測序評估：比對統(tǒng)計、測序隨機性評估、比對上序列在染色體的分布、比對上序列在基因區(qū)域的分布、比對結(jié)果可視化
   • 基因表達注釋：基因表達量、表達量分布、樣品聚類
   • 基因差異表達分析
   • 差異基因表達模式聚類分析
   • 差異表達基因GO功能顯著性富集分析：GO子類統(tǒng)計、GO富集分析、富集GO q值分布
   • 差異表達基因Pathway顯著性富集分析：KO富集分析、富集KO q值分布、通路結(jié)果注釋
   • 基因的可變剪接分析：可變剪接鑒定、統(tǒng)計、表達量分析
   • 預(yù)測新轉(zhuǎn)錄本：新轉(zhuǎn)錄本注釋、表達量統(tǒng)計、差異分析
   • SNP分析
   • 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析
2. 無參轉(zhuǎn)錄組標準信息分析
   • 對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理
   • 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及測序數(shù)據(jù)的堿基含量和質(zhì)量評估
   • 組裝結(jié)果分析：組裝結(jié)果統(tǒng)計及轉(zhuǎn)錄本長度分布
   • 組裝結(jié)果評估：
     • 比對率分析、均一性分析
     • 組裝準確性評估、組裝結(jié)果注釋比例評估、Reads利用率及嵌合體比例評估、核心蛋白比率評估。
   • 預(yù)測編碼蛋白框（CDS）
   • Unigene功能注釋
   • Unigene的COG分類
   • Unigene的GO分類
   • Unigene代謝通路分析
   • Unigene表達量分析：Unigene的表達量估計及其分布統(tǒng)計，實驗樣品的聚類
   • Unigene表達差異分析
   • 差異表達的Unigene結(jié)果統(tǒng)計：數(shù)目統(tǒng)計、聚類分析、組間差異表達的Unigene分布統(tǒng)計
   • 差異表達的Unigene GO分類和Pathway富集性分析
   • 差異表達的Unigene功能注釋
   • SNP分析
   • SSR分析與引物設(shè)計。

樣本要求

1. 樣品類型：完整且無污染的總RNA；
2. 樣品需求量（單次）：200 ng； 2ug（真菌）
3. 樣品濃度：≥20ng/μL；≥40ng/μL（真菌）
4. 樣品純度：28S:18S≥1.0；RIN≥7.0（動物）；RIN≥6.5（植物&真菌）；昆蟲樣品無28S:18S及RIN值要求
5. 樣品OD值： 260/280≥1；260/230≥1.8；昆蟲和動物樣品無OD值要求