醫院污水處理工程流程大致是醫院污水首先經過格柵，由格柵將雜物阻隔，分離出的污水在經過調節池時進行酸堿調節和水質水量調節，從水循環澄清池上層取得清液自流到缺氧池和好氧池中，污水從缺氧池和好氧池中經過，下部的提升泵將混入硅藻土處理劑的污水打入二沉池，二沉池上部的清水進行外排，   終經過二氧化氯消毒處理后，達標外排。

水循環澄清池中的沉淀污泥全部進入污泥池，缺氧池和好氧池設有混合液回流系統，鼓風機用于好氧池曝氣，二沉池中的污泥，一部分經過污泥回流進入缺氧池中，一部分進入污泥池中，污泥經脫水后可排出。