當前位置:上海士鋒生物科技有限公司>>技術文章>>PCR擴增方面的技術解答
1、PCR括增的基本原理
PCR (Polymerase Chain Reaction) 是體外復制DNA的技術,該技術幾乎貫穿于現在分子生物學的各個領域。PCR體系由模板,特異性引物,高溫聚合酶,脫氧核糖核酸幾部分組成。反應過程分模板高溫變性(Denaturation),引物與模板低溫退火(Annealing),引物在高溫聚合酶的作用下延伸(Extention),在一定的條件下,退火和延伸可以合二為一。
2、高溫聚合酶分類
高溫dna聚合酶主要用于DNA片段的高溫快速擴增(合成),它以單鏈DNA或RNA為模板,在dNTP和Mg離子存在時,在特定的引物引導下按5’-3’的方向合成DNA。目前,用于高溫DNA合成聚合酶就其本身的特性分成三類:
*類酶具有5’-3’方向的DNA合成(聚合)性能,沒有3’-5’方向的外切酶特性。如taq DNA聚合酶及其突變體。這類酶合成延伸能力比其它DNA聚合酶強,因為它不能糾正合成過程中出現的突變。
第二類和*類酶類似,它有合成特性,沒有3’-5’方向的外切酶活性,即不具備保真性能。不同的是它們能以RNA為模板,合成DNA。也就是說它們具有逆轉錄功能。如Tth DNA聚合酶。
第三類酶具有*類酶的DNA聚合特性,不擁有第二類酶的逆轉錄功能,但是它們具有3’-5’方向的外切酶活性。如Pfu DNA聚合酶。正是酶本身具有的外切酶活性,Pfu能夠糾正DNA擴增過程出現的錯誤,如點突變。不足之處是該類酶的DNA延伸能力不及其它兩類。目前人們試圖用各種手段來提高第三類酶的延伸性能,它在現代分子生物學實驗中越來越收到重視。
3、如何選酶?
根據擴增產品的用途確定。*類酶如Taq DNA聚合酶的主要用于檢測基因或特定DNA片段是否存在,制備DNA探針,T/A克隆時在DNA片段末端添加單個堿基,和Pfu一道用于較長DNA片段的擴增。這類DNA擴增,DNA片段中可能存在的突變不影響實驗結果。
*類酶大多數使用場合,第二類酶都可以用。需要注意的是Tth的長鏈PCR擴增的能力不及Taq酶。人們更多注意的是Tth的逆轉錄功能,用它來實現基因單管單個酶的RT/PCR擴增檢測。和傳統的AMV和MMLV 逆轉錄酶相比,Tth的RT是在高溫下進行的,能有效的解除RNA中的二級結構,是擴增出的基因更為完整。不足之處:Tth的RT能力不及AMV和MMLV 逆轉錄酶。第三類酶以Pfu DNA聚合酶為代表。
Pfu是已知DNA聚合酶中,保真性zui高的聚合酶。它擴增出的DNA產物,隨機突變少,保證性能為Taq DNA聚合酶的10倍以上。Pfu主要用于克隆表達基因片段的合成,用于DNA突變實驗。如果要求擴增DNA片段中的錯誤特別少,減少下游分子操作不必要的回復突變工作。高保真DNA擴增,使用Pfu DNA聚合酶是*的選擇。需要指出的是:用Pfu的DNA擴增,突變少,但不是無突變無錯誤擴增。Pfu的不足之處是擴增能力較差,2kb以上的基因擴增需要優化反應條件。
將*類或第二類與第三類酶按特定比例混合,能部分提高PCR擴增的長度和產物的保真性。我們提供的Taq Plus和SuperTaq屬于這類產品。這類產品的保真性一般為Taq酶的2倍左右。S公司聲稱Taq Plus的保真性達到Pfu的水平是沒有科學根據的,是極其不負責任的。
4、如何選擇酶的供應商?
用可靠可信的酶。國外品牌公司的酶質量是有保證的。理論上生產Taq的工藝不復雜,但是從非專業性生產商出來的產品往往不做嚴格的產品控制,他們的價格雖然低,但是給您研究帶來的潛在的威脅很大。很多公司沒有生產能力,為追求zui*,經常更換供應商。產品的穩定性受到影響。一般情況下他們不做質量控制。您買酶前問問他的酶是誰生產的,如果您僅僅被告知是國產和進口的,而不能告知明確的生產商,不要購買。
5、遇到問題怎么辦?
影響DNA擴增的因數很多,酶的質量是個重要因素。 本公司提供的各類酶質量都經過嚴格的質量控制。使用本公司提供的各種DNA聚合酶一般可以排除產品本身的質量問題。影響DNA擴增效率的幾個重要因數:模板性質和用量、Mg離子的濃度、退火溫度等。實際上 PCR擴增沒有什么特殊的規律,做多了,您就成為專家了。如果您還不能得到滿意的答案,請直接向申能博彩咨詢。
6、如果您不能擴增出產物,表明您使用的試劑或過程有問題嗎?
不一定。有些擴增,您的引物,PCR擴增使用的酶,dNTP可能都沒有問題,只是可能您沒有使用zui合適的條件。有些基因表達量就是低,常規的PCR可能就沒有辦法擴增出來。如果所有的基因都是那么容易擴增出來,那有那么多形式的PCR技術如槽式PCR,Hot Start PCR, LA PCR。如果有時引物設計不合理,靠擴增技術的改進也不一定能彌補。
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