實驗目的：了解掌握檢測DNA 質量的方法以及DNA定量的方法；了解影響DNA在瓊脂糖凝膠中泳動速率的因素；訓練DNA的瓊脂糖凝膠電泳操作及DNA的限制性內切酶操作。
實驗原理：參見系列一中實驗二；限制性內切酶的特點：見“基因操作原理”。
實驗材料及試劑：水稻總DNA或BAC克隆DNA，瓊脂糖，限制性內切酶DraI，EcoRI，EcoRV，HindIII
實驗步驟：
1．取10µl DNA于0.8% 凝膠檢測；
2．將DNA調節濃度至300-400 ng/µl ；
2．仔細閱讀將所用的任何一種酶產品說明書，熟悉反應條件及酶切的貯存濃度（10U-50U/µl）廠家配套試劑；
3．計算據反應條件所需要的各種試劑準確用量：（0.5 ml tube中）
DNA(3-5µg) 10µl
10´ buffer reaction 1.5µl
enzyme (15 U/µl) 0.8µl（冰上）
ddH2O 2.7µl
混勻，短暫離心；
4．37℃ 溫浴1-2 hrs (純DNA) 或10 hrs（粗制DNA）；
5．加入上樣緩沖液終止酶切反應，也可65℃加熱10 min使酶變性失活；
6．電泳檢測酶切效率：
每個樣品取1/10量用瓊脂糖電泳檢測，制膠及點樣方法同上。

結果分析
若水稻DNA呈現均勻連續分布的一片，則酶切效果好，否則需重做；
DNA被切爛：DNA降解，重新提DNA；
DNA切不動：雜質多（多糖，蛋白質，酚類，有機溶劑等），重新純化；
若是BAC克隆DNA，酶切后應出現多條很清晰的不同大小DNA帶。