將連接有所需要的DNA的載體導入宿主細胞的常用方法有四種：
①轉化，用質粒作載體所常用的方法。
②轉染（見轉化），用噬菌體DNA作載體所用的方法，這里所用的噬菌體DNA并沒有包上它的外殼。
③轉導，用噬菌體作載體所用的方法，這里所用的噬菌體DNA被包上了它的外殼，不過這外殼并不是在噬菌體感染過程中包上，而是在離體情況下包上的，所以稱為離體包裝。
④注射，如果宿主是比較大的動植物細胞則可以用注射方法把重組DNA分子導入。

外源DNA的進入而使細胞遺傳性改變稱為轉化。早在1943年，Avery等就發(fā)現(xiàn)有毒肺炎雙球菌的DNA與無毒肺炎雙球菌共培養(yǎng)后產生有毒性的肺炎雙球菌后代的轉化現(xiàn)象。但DNA進入細胞的效率很低，在分子生物學和基因工程工作中可采取一些方法處理細胞，經處理后的細胞就容易接受外界DNA，稱為感受態(tài)細胞，再與外源DNA接觸，就能提高轉化效率。例如大腸桿菌經冰冷CaCl2的處理，就成為感受態(tài)細菌，當加入重組質粒并突然由4℃轉入42℃作短時間處理，質粒dna就能進入細菌；用高電壓脈沖短暫作用于細菌也能顯著提高轉化效率，這稱為電穿孔（electroporation）轉化法。

噬菌體進入宿主細菌，病毒進入宿主細胞中繁殖就是感染（infection）。用經人工改造的噬菌體活病毒作載體，以其DNA與目的序列重組后，在體外用噬菌體或病毒的外殼蛋白將重組DNA包裝成有活力的噬菌體或病毒，就能以感染的方式進入宿主細菌或細胞，使目的序列得以復制繁殖。感染的效率很高，但DNA包裝成噬菌體或病毒的操作較麻煩。

重組的噬菌體DNA也可象質粒DNA的方式進入宿主菌，即宿主菌先經過CaCl2、電穿孔等處理成感受態(tài)細菌再接受DNA，進入感受態(tài)細菌的噬菌體DNA可以同樣復制和繁殖，這種方式稱為轉染（transfection）。M13噬菌體DNA導入大腸桿菌就常用轉染的方法。重組DNA進入宿主細胞也常用轉染方式。zui經典的是1973年建立的磷酸鈣法，其利用的基本現(xiàn)象是：DNA如以磷酸鈣-DNA共沉淀物形式出現(xiàn)時，培養(yǎng)細胞攝取DNA的效率會顯著提高。用電穿孔法處理培養(yǎng)的哺乳類細胞也能提高細胞攝取DNA能力，但所用外加電場的強度、電脈沖的長度等條件與處理細菌者都很不相同。近年來用人工脂質膜包裹DNA，形成的脂質體（Liposome）可以通過與細胞膜融合而將DNA導入細胞，方法簡單而有效，現(xiàn)有商售的脂質體試劑，使用日益廣泛。

用以上任何一種方法連接起來的DNA中既可能包括所需要的DNA片段，也可能包括并不需要的片段，甚至包括互相連接起來的載體分子的聚合體。所以接受這些DNA的宿主細胞中間只有一小部分是真正含有所需要的基因的。一般通過3種方法可以取得所需要的宿主細胞：
①遺傳學方法，對于帶有抗藥性基因的質粒來講，從被轉化細菌是否由敏感狀態(tài)變?yōu)榭顾幍臓顟B(tài)就可以知道它有沒有獲得這一抗藥性質粒。一個抗藥性基因中間如果接上了一段外來的DNA片段，就使獲得這一質粒的細菌不再表現(xiàn)抗性。把一個帶有兩個抗性基因氨芐青霉素抗性和四環(huán)素抗性的質粒pBR322用限制酶Bam HI處理，由于Bam HI的*的識別位點是在四環(huán)素抗性基因中，所以經同一種酶處理的DNA分子片段就可以連接在這一基因中間。在被轉化的細菌中選擇只對氨芐青霉素具有抗性而對四環(huán)素不具抗性的細菌，便可以獲得帶有外來DNA片段的載體的細菌。這是一種常用的遺傳學方法。
②免疫學方法和分子雜交方法，當一個宿主細胞獲得了攜帶在載體上的基因后，細胞中往往就出現(xiàn)這一基因所編碼的蛋白質，用免疫學方法可以檢出這種細胞。分子雜交的原理和方法同樣可以用來檢測這一基因的存在（見分子雜交、基因文庫）。