DDRT—PCR技術(shù)即mRNA差異顯示聚合酶鏈式反應(yīng)技術(shù)，此技術(shù)是以PCR技術(shù)和聚丙烯凝膠電泳技術(shù)為基礎(chǔ)，結(jié)合銀染或放射性自顯影等顯色技術(shù)，能快速有效地鑒定并克隆兩個或多個平行材料之間的差異表達基因。DDRT—PCR技術(shù)的基本過程如下：
①提取兩組平行材料中的總RNA或mRNA；
②在逆轉(zhuǎn)錄酶作用下，以oligo dT12MN為錨定引物將mRNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA；
③ 以cDNA為模板利用10一mer隨機引物和錨定引物進行pcr擴增；
④ 聚丙烯酰胺凝膠電泳分離PCR擴增產(chǎn)物，結(jié)合銀染等顯色方法獲得平行材料間的差異cDNA片段，回收并再擴增差異片段；
⑤Northern blotting檢測差異cDNA片段是否為陽性片段；
⑥克隆cDNA片段并測序；
⑦ 根據(jù)測序結(jié)果篩選cDNA文庫或使用RACE技術(shù)獲得cDNA片段側(cè)翼序列，進而獲得其全長cDNA基因。

GeneFishing技術(shù)用來檢測不同樣品間的表達差異。該技術(shù)著眼于解決目前用來檢測基因表達差異的方法所面臨的問題，如芯片技術(shù)和差異顯示技術(shù)。該技術(shù)的實驗包括以下三個步驟，反轉(zhuǎn)錄PCR (RT) 和兩步法PCR (GeneFishing PCR)。
*步: 用dT-ACP1引物合成cDNAs的*鏈。dT-ACP1引物的3′端與mRNA的多聚A互補。這樣*鏈cDNA包含了dT-ACP1引物 5´端的通用序列。
第二步: 把*步得到的*鏈cDNA稀釋后和隨機ACP及dT-ACP2一起加到PCR管。隨機ACP引物的3′端序列能有效的結(jié)合到*鏈cDNA的某一部位。在*步PCR時，通過控制條件只能使隨機ACP的3′端特異的結(jié)合到*鏈cDNA的特定位置，而阻止dT-ACP2的3′端退火結(jié)合到*鏈cDNA。通過*步PCR合成第二鏈cDNA，其3′端包含了dT-ACP1通用序列的互補序列，而其5′端包含了隨機ACP的通用序列。第三步: 來自第二步的PCR管的混合物在更嚴格條件下進行第二步PCR，這時使dT-ACP2和隨機ACP能各自退火結(jié)合到第二步得到雙鏈cDNA的3′ 端和5′端。既然第二鏈cDNA的3′端序列與隨機ACP引物的通用序列互補，而其5′端與dT-ACP2的通用序列互補，這樣保證了只擴增目標(biāo)產(chǎn)物。該技術(shù)特點如下
(1) 無假陽性。GeneFishing技術(shù)鑒別的差異表達基因均可通過Northern Blot分析或RT-PCR證實！現(xiàn)有的DEG檢測方法，例如生物芯片和差異顯示技術(shù)的主要瓶頸就是假陽性的存在。無假陽性可以使研究者能快速辨別可信的差異表達基因。
(2) 無需PAGE（聚丙烯酰胺凝膠），瓊脂凝膠法即足夠。退火控制引物(ACP)極大地提高了PCR擴增的特異度和靈敏度，從而產(chǎn)生特異PCR產(chǎn)物。而且，GeneFishing 技術(shù)只需要少量的起始物質(zhì)。PCR產(chǎn)物可以在標(biāo)準的溴化乙啶染色的瓊脂凝膠中被檢測，因而省去了使用PAGE（聚丙烯酰胺凝膠）的繁瑣處理步驟。使用GeneFishing 技術(shù)在瓊脂凝膠中產(chǎn)生的條帶具有足夠濃度，可以被Northern Blot方法檢測。
(3) 無需昂貴的檢測方法。放射性/熒光檢測方法由于其成本和危險性而不能廣泛應(yīng)用。昂貴的檢測方法是現(xiàn)今差別表達基因檢測的另一缺點。因此，可以使用標(biāo)準溴化乙啶染色的瓊脂凝膠來進行檢測是GeneFishing 技術(shù)的一個主要優(yōu)勢。
(4) 重復(fù)性保證。GeneFishing技術(shù)的所需反應(yīng)試劑均由試劑盒提供。這樣防止了由于使用舊的，不匹配的試劑而帶來的變化，確保了可靠的重復(fù)性。
(5) 無需特殊技術(shù)。GeneFishing 技術(shù)是一種以PCR技術(shù)為基礎(chǔ)的創(chuàng)新方法，簡單易用。
(6) 快速經(jīng)濟。GeneFishing技術(shù)使得研究者可以在５小時內(nèi)確認有效的差異表達基因，不必因為假陽性而浪費時間。相比之下，所有其他DEG篩選方法都需要大量的后續(xù)工作和時間來鑒別有效的差異表達基因。
(7) 大范圍的PCR產(chǎn)物。每一個GeneFishing PCR反應(yīng)產(chǎn)生從150bp至2kb長度范圍的PCR產(chǎn)物，這不僅提高了鑒別差異表達基因的機會，還為預(yù)測基因功能提供了更多的有效序列信息。

基因芯片技術(shù)的原理類似我們?nèi)粘Ｋf的計算機芯片，只是在固體基質(zhì)上的不是集成著各種半導(dǎo)體管，而是成千上萬的基因探針，待分析的樣品通過和芯片中已知序列的DNA片段堿基互補雜交，經(jīng)過計算機的分析，從而確定待測核酸序列和性質(zhì)，表現(xiàn)出基因表達量和一些序列本身的特性。該技術(shù)主要包括四個環(huán)節(jié)：芯片微列陣制備，樣品制備，生物分子反應(yīng)和信號的檢測分析。目前的制備方法主要是采用表面化學(xué)的方法或是組合化學(xué)的方法來處理固相基質(zhì)，如玻璃片或硅片。在固體材料中刻出微濾柵、微通道，并加上微泵、微閥來控制流體。然后將探針以預(yù)先設(shè)計的順序固定在固體基質(zhì)上。微列陣制備技術(shù)主要有兩種基本方法：原位合成法和點樣法。
以上三項技術(shù)比較如下：

發(fā)現(xiàn)新基因

假陽性

PCR產(chǎn)物長度

檢測方法

重復(fù)性

GeneFishing

能

沒有

達到2kb

瓊脂糖凝膠

高

Gene Chip

否

高

N/A

熒光

低

DD-PCR

否

高

100-500bp

熒光或放射

低