1）基因組DNA Southern印跡的制備
預備
1．用適當的限制性內切酶消化基因組DNA樣品（10μg）。

2．進行瓊脂糖凝膠電泳。一般用0.7～1.0％的瓊脂糖凝膠分離基因組DNA，它在1～15kb的范圍內有較好的分辨率，可選用TBE或TAE緩沖液。瓊脂糖凝膠電泳需在1V/cm的電壓下進行，如果要分離片段大小相似的DNA帶，應用較大的凝膠（20×25cm）。常用的標準品是由Hind Ⅲ消化的λDNA、Hae Ⅲ消化的ΦX174 DNA和100或1000bp的梯形圖譜。電泳完畢，將凝膠放在紫外透射儀上，并在凝膠旁放一尺子進行拍照。當把凝膠從盤內移動紫外透射儀時，小心不要將凝膠滑落或弄破。

Southern印跡的制備

1．將凝膠轉移至塑料盒內。

2．加入至少4倍凝膠體積的0.25mol/L HCl使DNA脫嘌呤，置室溫搖床溫育15min。這時凝膠上樣緩沖液中的溴酚藍應變黃色，如果15min后仍呈藍色，應再溫育5min。

3．小心地塑料盒內HCl棄去，用蒸餾水漂洗凝膠一次。

4．加入至少4倍體積的變性緩沖液，置室溫搖床溫育20min。

5．用新鮮緩沖液重復步驟4，小心棄去變性緩沖液，用蒸餾水稍加漂洗。

6．加入至少4倍體積的中和反應緩沖液，置室溫搖床溫育15min。

7．用新鮮緩沖液重復步驟6。

8．當處理凝膠時，裁一張略大于凝膠的濾膜（硝酸纖維膜或尼龍膜），預先用蒸餾水將濾膜浸濕后用20×SSC浸泡至少15min。

9．安裝轉移裝置。在盤中加入印跡緩沖液（20×SSC），在緩沖液面作一平臺，比如可倒置一凝膠盤，上面蓋三張經20×SSC飽和過的濾紙（Whatman 3MM），平臺兩側的濾紙應浸泡在緩沖液中，用10ml的玻璃吸管在其表面小心滾動以趕出所有氣泡，并將濾紙推平。

10． 倒數毫升20×SSC于濾紙表面，將凝膠面向下倒扣在濾紙上，小心趕出凝膠與濾紙間的氣泡，凝膠四周用膠布或塑料薄膜包裹以防緩沖液從凝膠周圍直接流至紙中（虹吸短路）。

11． 加數ml 20×SSC浸沒凝膠，表面覆以濾膜，確保凝膠與濾膜之間無氣泡。

12． 裁三張大小合適的3MM濾紙，用20×SSC浸濕后鋪在濾膜表面。

13． 放一疊干燥的吸水紙（印跡紙或紙巾）在3MM濾紙上（約5～8cm高）。

14． 置一玻璃板于吸水紙上，其上放一重約0.75～1kg的物體。

15． DNA轉移可進行12～16h（如過夜），確保槽內有足夠的20×SSC（1～3L）。