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真核細胞中的線粒體被認為是和細菌一樣的內共生體，數百萬年前進入細胞系。
一些非常原始的單細胞生物（包括幾種有重要醫(yī)學價值的生物，如Giardia和Trichomonas似乎缺少線粒體，這種“無線粒體”狀態(tài)被認為代表著來自在生物獲得線粒體之前的一個時期的一種遺跡。
這一共識受到研究結果的挑戰(zhàn)。研究結果表明，這些生物有細胞器，被稱為“氫化酶體”，它們與線粒體有一些相像之處。
但關于“氫化酶體”是否在演化上與線粒體類似、或它們是否代表著一種不同的演化品系有很多不同意見。
Trichomonas細胞器的生化性質表明，它們與線粒體是不同的。研究人員卻以類似的數據為依據認為，二者之間關系密切。這一爭論還在繼續(xù)。
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