正常微生物通過占位性保護作用，即競爭粘附位點來阻止病原菌附著。芽孢桿菌進入動物胃腸道后，通過生物奪氧作用在生長繁殖過程中消耗腸內過量的氣體，造成厭氧狀態，而抑制需氧的有害菌的生長繁殖。并且，芽孢桿菌在生長繁殖過程中可產生細菌素、有機酸等物質，改變腸內微生態環境，形成了不利于有害菌生長繁殖的腸內環境。
研究表明，芽孢桿菌能促進腸道相關淋巴組織，使之處于高度反應的“準備狀態"，同時使免疫器官的發育增快，免疫系統成熟快而早，T、B淋巴細胞的數量增多，使動物的體液和細胞免疫水平提高，增強機體抗病能力。
芽孢桿菌進入動物腸道能夠產生乙酸、丙酸和丁酸等揮發性脂肪酸，降低腸道PH值，抑制致病菌的生長，激活酸性蛋白酶活性，對新生畜禽是有益的。
芽孢桿菌具有很強的蛋白酶、脂肪酶、*活性，可降解飼料中的某些抗營養因子，提高飼料轉化率可達8%以上。在腸道內生長繁殖，能產生各種營養物質如維生素、氨基酸、未知促生長因子等，參與機體的新陳代謝，促進動物生長。
芽孢桿菌在動物腸道內產生大量細菌素、包括*、多粘菌素、線性環多肽復合物等，可有效地抑制和殺滅進入體內的大腸桿菌和沙門氏菌等致病菌。
芽孢桿菌在腸道內可產生氨基氧化酶及分解硫化物的酶類，可降低血液及糞便中氨、吲哚等有害氣體濃度，形成對動物機體更有利的平衡狀態；同時，動物排泄物、分泌物中的有益微生物數量也增多，病原微生物減少，從而凈化了體內外環境，減少疾病的發生。
