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隨著分子生物學的發展，綜上所述。基因診斷技術的提高，環境微生物分類鑒定的方法不時出現和完善。分子分類是分子水平上對微生物個體的DNA RNA 和蛋白質進行研究，并根據獲得的基因型信息對環境微生物個體進行分類。分子分類的方法彌補了過去常用的激進分類方法的分類缺點，對環境微生物分類研究提供了更詳盡的依據。目前存在各種方法，都有各自的優點，但也存在缺乏，這些方法使環境微生物分類的水平不時提高，由最初的區分不同屬、種的環境微生物發展到對同種不同株的環境微生物進行區分。為了更準確地對環境微生物進行分類鑒定，應將不同的方法結合起來，同時繼續完善現有的和研究新的方法。

　　Woes等對16SrRNA 等生物大分子研究的結果。至今，古細菌的發現。仍是從進化角度研究的最充分的蛋白質，已系統研究了40余種生物。而核糖體AT-L30及其他蛋白的氨基酸順序則可能成為放線菌分類的有利工具。研究人員還正在進一步尋找更合適的蛋白質，分析其氨基酸順序，以獲得更有用、更可靠的信息。

　　一種不需要價格高貴的設備，操作方便，又能迅速獲得試驗結果的方法。蛋白質圖譜可通過聚丙烯酰胺凝膠電泳(polyacrylamidgelelectrophoresis,蛋白質圖譜分析有全細胞蛋白質圖譜分析和特定類群蛋白質圖譜分析。PA GE獲得，尤其是用PatrickoFarrel發展的雙向聚丙烯酰胺凝膠電泳將更為精確。該法是解決疑難種的鑒定等分類學問題的較為簡便易行的方法。解決什么是種內形態變異和什么是種間性狀交叉問題時成為一個很重要的依據。近年來，核糖體蛋白圖譜用于放線菌分類已開始受到重視，而可溶性蛋白的電泳圖譜已廣泛用于真菌分類中。此外，Vancanneyt等證明可溶性蛋白的一級電泳圖譜對酵母菌的種內及種間分類也很有意義。而同工酶電泳圖譜則可應用于種及種下的分類。細菌細胞色素的PA GE分析也顯示出分類意義。