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　PCR is the short for Polymerase Chain Reaction,中文是聚合酶鏈式反應,簡單的說就是在體外模擬發生在細胞內的DNA快速擴增特定基因的技術.即屬于DNA amplification中的主要方式.基本反應步驟我就不具體講了 相信不是學生命工程專業的也不用去學,知道有3步就行,高溫變性,annealing(這個中文我沒有查到,大概意思就是降低反應溫度,并把溫度保持在55攝式度左右一分鐘,叫低溫去火)適溫延伸. 這項技術主要應用在學,古生物學和研究人類起源等方面.近年來發現存在于原核生物基因組中的DNA片段，主要為重復基因外回文序列(repetitive extr-agenic palindromic,REP)和腸菌重復基因問基準序列(enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC)。這些短重復序列在細菌基因組中廣泛分布并具有一定的保守性。利用其保守序列設計長度為15～22個堿基的引物，可擴增細菌基因組中位于重復序列之間的大小不同的DNA片段，通過瓊脂糖電泳可得到重復性較好、具有種特異性或菌株特異性的DNA指紋圖譜。REP-PcR指紋分析技術即是建立在上述幾種短重復序列引物基礎上的DNA指紋分析技術。

　　許多研究者的工作表明，不同引物REP-PCR指紋分析結果之間在主要類群的劃分上表現出較好的一致性，但對關系非常密切的菌株的聚類結果往往隨引物不同而異。為消除這種差別，有些研究者將雙引物或多引物．REP—PCR指紋分析數據合并在一起進行聚類分析，以增加菌株指紋圖潛的特異性。

　　單鏈構象多態性(single stranded conformation polymophism,SSCP)分析，是在PCR產物中加入高濃度的甲酰胺，并在80～90℃變性為單鏈，再行非變性的聚丙烯酰胺凝膠電泳，然后銀染或放射自顯影，就可得到多態性的檢測結果。此法的原理是由于正常序列與變異序列的單鏈構象不同，從而電泳的遷移率不同，因此能在電泳上分離區別。該法靈敏度*，能鑒別一個堿基的差異。對于一個環境微生物區系來說，有許多不同的種群存在其中，如何應用某種特異的基因序列進行種群多態性的研究，沒有理想的分離技術是做不到的。SSCP可將序列長度相同而堿基排列不同的片段區分開，這樣不同種的環境微生物通過圖譜顯示出來。同時可進行切膠純化直接測序，與GenBank上的已知序列比較，得到種特異的基因序列，達到分類的目的。

　　總之，由于PCR技術可以快速特異地擴增任何期望的DNA片段和目的基因，因而在環境微生物的檢測與鑒定中有重要的實際應用價值。但在實際應用中也存在一些問題，如極少量外源性DNA引起的污染可能導致假陽性出現；試驗條件不當導致產物產生突變；引物設計及靶序列選擇不當可能降低靈敏度和特異性等。盡管還存在著一定的問題，相信隨著該技術的進一步普及、發展和完善，可以預料，今后PCR技術在環境微生物領域中的應用將進一步擴大，特別是在檢測水體、土壤中的致病細菌、病毒及指示菌等方面發揮愈來愈大的作用。

　　PCR的衍生技術可以模擬生物體的合成，用來測序，可以針對的基因，設計引物，制成疾病診斷試劑盒，還有可以針對微衛星序列，可以做親子鑒定，加入熒光物質，直接做熒光pcr