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污染土壤的病原微生物不僅危害人類健康，也嚴重地危害植物，引起多種植物病害，造成農業減產。土壤微生物污染是指一個或幾個有害的生物種群從外界環境侵入土壤并大量繁殖，引起土壤質量下降，不僅破壞原來的生態平衡，還會對動植物和人體健康以及生態系統造成不良影響。

　　正如我國是一個農業大國，肥料需求量巨大，人們的傳統觀念就認為生活污水含有的養分，而人畜糞便更是含有豐富的有機營養，再說大家都覺得農作物還可以凈化污水。因此，污水灌溉和糞便施肥一直是我國農業的一大特點。然而，正如前面所說，生活污水含有大量細菌，工業和醫院廢水更是富含各種病原體。另外有資料顯示，污泥、垃圾和糞肥都可能攜帶大量病原微生物和寄生蟲卵。許多農民都習慣把病死的禽畜埋起來，這些病毒尸體也是土壤中致病菌的一大來源，容易引起土壤生物污染并擴大疾病的傳播。還有事物都是普遍聯系的，大氣圈和水圈中的微生物也可以進入土壤引起生物污染病原體危害人體污染土壤的主要途徑如下：

　　(1)人人體排出的病原體直接污染土壤，或經由施肥及污灌等污染土壤。在被污染的土壤上種植蔬菜瓜果、人與污染土壤接觸或生吃此等蔬菜瓜果而感染致病。

　　(2)動物排除病原體污染土壤，然后感染人體致病。例如，炭疽病是人畜共患病，炭疽芽孢桿菌是炭疽的病原菌，其芽孢對環境和化學因素具有很大的抵抗力，在牲畜的皮毛里能存活多年，在土壤中可存活60年以上。因此在某地區如果家畜感染了炭疽病，處理不當就會引起本病的不斷傳播，人因接觸患病動物、尸體等而被感染。

　　(3)自然土壤中存在致病菌，人與污染土壤接觸而感染得病。如土壤中存在破傷風梭菌，其芽孢可在土壤中存在很長時間，當人體表皮膚受損，該菌可通過傷口侵入人體而發生破傷風。肉毒梭菌可在土壤和動物糞便中存在，從而污染食物并生產毒素，引起嚴重的中毒性疾病。生長在土壤或蔬菜中的霉菌能引起霉菌病，發生局部或全身的霉菌感染。

　　土地受到有毒物質污染就如同患上了惡性腫瘤，癌細胞不斷侵噬大地的肌體。我國20％的耕地遭受污染，患上 “惡性腫瘤"，每年因此造成的直接損失相當于同期國民生產總值的1％。土地污染的危害不亞于水污染和大氣污染，但人們卻遠不像關注水污染和大氣污染那樣關注土地污染。