DNA降解的因素：
外界物理因素:溫度、濕度
化學因素：pH值、水解反應、氧化反應
生物因素：酶解及微生物侵染等作用。
這些因素都直接與DNA的構型、分子組成有關
DNA分子結構：
DNA是由許多脫氧核苷酸殘基按一定順序彼此用3’，5’-磷酸二酯鍵相連構成的長鏈。
[形成鏈的作用力——磷酸二脂鍵，易被水解]；
大多數DNA含有兩條這樣的長鏈
[兩條鏈間以氫鍵相連接——氫鍵在強電解質環境，尤其在高酸度環境內易開鍵]
也有的DNA為單鏈，如大腸桿菌噬菌體φX174、G4、M13等。有的DNA為環形，有的DNA為線形。
選取的材料不新鮮或反復凍融，采集材料后未及時處理或未低溫保存：陳舊血液或不新鮮的材料中，細胞凋亡導致DNA降解，或者低溫保存的樣品經反復凍融導致細胞破碎，內源性核酸酶降解DNA，因此應該選用新鮮的材料樣品，不能及時處理則低溫保存，運輸過程中應該使用干冰：
1 ) 未能有效的抑制內源性核酸酶的作用：
某些DNase含量豐富的動植物組織樣品應在液氮中研磨或勻漿，研磨過稱中隨時補充液氮，并在樣品未*解凍之前加入含有抑制核酸酶作用的裂解液。
2 ) 操作過于劇烈導致 DNA 被機械打斷：
預處理的樣品應該加入細胞裂解以后，所有操作應該盡量柔和，避免劇烈振蕩。
