影響質粒提取的因素：
質粒提取的得率和質量與很多因素有關，如宿主菌的種類和培養條件、細胞的裂解、質粒拷貝數、質粒的穩定性、抗生素、吸附柱的吸附量等。
宿主菌種類
質粒主要存在于細菌、放線菌和真菌細胞中，多數情況下我們是從大腸桿菌中提取質粒。大腸桿菌的菌株不同會影響質粒提取的質量。從宿主菌如DH5α和*0中可以得到高質量的質粒DNA。HBl01和它的衍生菌株，如TG1和JM系列會在裂解時產生大量的糖類，如果沒有*去除，將抑制后續實驗中的酶活性，影響質粒DNA提取的質量。另外，有些菌株有非常高的內切酶活性，會降低DNA的得率。因此推薦使用DH5α和*0來提取質粒DNA。
培養時間
從固體培養基平板上挑取一個單菌落，接種到培養物中(含有相關抗生素的液體培養基中)，振蕩培養12-16小時。不應超過16小時，因為這時細胞開始裂解，使得質粒的得率降低，也會導致質粒丟失或質粒變異。
質粒擴增
氯霉素能抑制宿主細胞蛋白質和DNA的合成，但對松弛型質粒的復制沒有影響。因此，在細菌培養液中加入氯霉素可提高松弛型質粒的拷貝數。由于氯霉素抑制了宿主細胞蛋白質和DNA的合成，從而抑制了染色體的復制，但質粒復制所用的酶半衰期較長，故質粒仍可繼續復制，這樣既可增加質粒產量，又可降低細胞的數量，使細菌裂解液的粘度降低而便于操作。常用于擴增的氯霉素濃度為170ug/ml 。
抗生素
在菌株的各生長階段都應加入抗生素篩選。現在用的許多質粒都不含有在細胞分裂時確保平均分配的par位點，無質粒的子細胞在無抗生素時復制速度遠大于含質粒的細胞。
