古朵生物:質粒DNA提取及瓊脂糖凝膠電泳檢測
一、堿變性法提取質粒DNA
質粒(Plasmid)是細菌染色體外能自身獨立復制的雙股環狀DNA。帶有遺傳信息,可賦予細菌某些新的表型。將質粒指紋圖譜分析方法、質粒DNA探針技術及檢測質粒的PCR技術用于臨床感染性疾病的診斷和流行病學調查已成為現實。質粒作為載體在基因工程中起著重要的作用。
分離和純化質粒DNA的方法很多,但這些方法基本包括三個步驟:即細菌的培養和質粒DNA的擴增,細菌菌體的裂解;質粒DNA的提取與純化。
本實驗學習用堿變性方法提取質粒DNA。
原理
細菌培養物加入SDS和NaOH堿性溶液處理后,菌體裂解,可使細菌的質粒DNA、染色體DNA和RNA一起從細胞內釋放出來,經瓊脂糖凝膠電泳,因各種核酸分子的遷移率不同將上述核酸分成不同的帶。用溴化乙錠(EB)染色后,在紫外線燈下可看到各種核酸帶發出的熒光。根據熒光的位置,可區分不同的核酸帶。
材料
1.菌株E.coliJM109(pUC19),E.coliRRI(pBR322)
2.試劑溶液Ⅰ(50mM葡萄糖,25mMTris.HclPH8.0,10mMEDTA)
溶液II(0.2NNaOH,1%SDS)用前新配制
溶液III(5mMKAc溶液PH4.8)
TE緩沖液(10mMTris.HCl,1mMEDTAPH8.0)
LB液體培養基(胰蛋白胨10g,酵母粉5g,Nacl10g。加蒸餾水溶解,用NaOH調PH至7.5,加水至1000ml,15磅高壓滅菌15分鐘)。
方法
1.接種細菌于5mlLB液體培養基中,37℃培養過夜。
2.3000rpm/min,離心15min,棄上清。加入100ul溶液Ⅰ懸起細菌沉淀。
3.加入200ul前新配制的溶液II,顛倒EP管5次混合均勻,置冰浴2min。
4.加入150ul溶液III溫和地混勻,12000rpm/min,離心5min。
5.吸取上清清亮裂解液放入另一新EP管中,加等體積酚-氯fang-異wu醇抽提2次,12000rpm/min,離心2min。(若不做酶切,此步可省略)吸取上清放入另一新EP管中,加入二倍體積的冷乙醇,12000rpm/min,離心10min。
6.棄乙醇,干燥后用30ulTE緩沖液洗下核酸,待電泳檢測。
二、瓊脂糖凝膠電泳
瓊脂糖凝膠電泳技術(Agarosegelelectroghoresis)是分離、鑒定和提純DNA片斷的有效方法。凝膠分辨率決定于使用材料的濃度,并由此決定凝膠的孔徑。瓊脂糖凝膠可分辯0.1~6.0kb的雙鏈DNA片段。瓊脂糖凝膠電泳是一個電場作用。它首先利用瓊脂糖的分子篩效應,此外,在弱堿性條件下,DNA分子帶負電荷,從負極向正極移動。根據DNA分子大小、結構及所帶電荷的不同,它們以不同的速率通過介質運動而相互分離。借助溴化乙錠(EB)能與雙鏈DNA結合的作用,利用EB染色,并通過紫外線激發即可觀察被分離DNA片段的位置。
材料
1.瓊脂糖、10×TAE電泳緩沖液(40mMTris,20mMNaAc,1mMEDTAPH8.0)
2.載體緩沖液(0.25%溴酚藍,30%甘油)、溴化乙錠水溶液(10mg/ml)
3.凝膠槽、電泳儀
方法
1.取瓊脂糖0.9g,加入100ml1xTAE電泳緩沖液于250ml燒瓶中,100℃加熱溶解。
2.平衡凝膠槽,放好兩側擋板,調節好梳子與底板的距離(一般高出底板0.5~1mm)。
3.鋪板:在溶解好的凝膠中加入終濃度為0.5ug/ml的溴化乙錠水溶液,輕輕混勻,待冷至50℃左右倒入凝膠槽,膠厚一般為5~8mm。
4.待膠凝固后,去掉兩側擋板,將凝膠放入盛有電泳液的槽中(加樣孔朝向負,DNA由負極向正極移動),使液面高出凝膠2~3mm,小心拔出梳子。
5.DNA樣品與載體緩沖液5:1混合并加入凹孔中(樣品不可溢出)。
6.打開電源,調節所需電壓,電壓與凝膠的長度有關,一般使用電壓不超過5v/cm。
7.據指示染料移動的位置,確定電泳是否終止(溴酚藍的涌動距離在5sRNA和0.3kbDNA帶之間)。
8.電泳完畢關閉電源。將凝膠放紫外燈下觀察并拍照。
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