iScan芯片掃描系統(tǒng)
該系統(tǒng)的核心是iScan 閱讀器，它包含了高性能的激光器，光學(xué)儀器及其檢測(cè)系統(tǒng)。iScan 閱讀器能夠提供亞微米分辨率和非匹配的數(shù)據(jù)輸出率。甚至是密度的芯片亦可在幾分鐘內(nèi)進(jìn)行掃描，每天可以處理多達(dá)96個(gè)多樣品芯片。
·這些成像特性尤其有利于進(jìn)行高密度基因型分型，CNV分析，DNA甲基化和基因表達(dá)分析。
·該掃描系統(tǒng)支持各種多樣品芯片格式的infinium、GoldenGate,DASL,基因表達(dá)（直系雜交）和甲基化分析
該掃描系統(tǒng)包括一個(gè)能控制所有掃描器的計(jì)算機(jī)工作站。這個(gè)自動(dòng)化系統(tǒng)提供激光控制，精密力學(xué)控制（包括焦點(diǎn)馬達(dá)），激發(fā)信號(hào)檢測(cè)，圖像注冊(cè)，圖像收集及數(shù)據(jù)輸出。數(shù)據(jù)分析由GenomeStudio軟件提供支持。該軟件是一種易使用的可視化工具，具有*的數(shù)據(jù)控制能力和廣泛的數(shù)據(jù)輸出能力。
·該掃描閱讀器是建立在LIMS（實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)）上，并可自動(dòng)選擇分析追蹤流線樣品以及對(duì)大規(guī)模項(xiàng)目進(jìn)行工作流程管理。
·AutoLoader 2.x可被加入到單或雙掃描系統(tǒng)從而能每天高通量輸出成千上萬(wàn)的樣品數(shù)據(jù)。
流程和規(guī)格
iScan提供了流線型成像檢測(cè)流程，需要極少的用戶交互服務(wù)進(jìn)行自動(dòng)掃描裝置和數(shù)據(jù)處理。通過可選擇性的自動(dòng) Autoloader 2.x 和 實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)可進(jìn)一步提高數(shù)據(jù)輸出效率以及避免高代價(jià)的處理錯(cuò)誤。
檢測(cè)/協(xié)議
BeadArray: Infinium HD, Infinium Methylation, DASL, Direct Hyb
技術(shù)參數(shù)
| iScan 技術(shù)參數(shù) |
| 視野 | 1 mm 寬 |
| 像素分辨率 | 0.54 微米 |
| 激光激發(fā) | 532 nm and 658 nm 雙激光激發(fā) |
| 發(fā)射光譜 | 550-600 nm and 677-697 nm |
| 圖像登記 | 自動(dòng) |
| 數(shù)據(jù)讀取 | 自動(dòng) |
| 圖像輸出格式 | TIFF, PNG, JPG格式(壓縮或未壓縮) |
| 數(shù)據(jù)輸出格式 | IDAT (Illumina公司專有格式) |
| 檢測(cè)器模擬到數(shù)字轉(zhuǎn)換 | 16位 |
| 檢測(cè)極限 | 5 fluor/µm2 (Cy3 or Cy5) |
| 輸入電壓 | 100-240V AC 50/60 Hz, single phase |
| 輸出功率 | 3A (110V); 1.5A (220V) |
| 尺寸 | 52 cm (寬) × 45 cm (高) × 66 cm (深) |
| 重量 | 65 kg |
用戶代表評(píng)論
Sarah Murray, Ph. D.
Director of Genomic Medicine, The Scripps Research Institute
Sarah Murray博士與The Scripps Research Institute (TSRI)中開展全基因組關(guān)聯(lián)研究的研究人員合作，來(lái)鑒定心血管疾病的遺傳定子。
訪問Sarah Murray博士
Infinium HD BeadChip芯片和iScan系統(tǒng)在您的實(shí)驗(yàn)室中表現(xiàn)如何?
Human610-Quad BeadChip芯片為我們帶來(lái)了非常棒的數(shù)據(jù)質(zhì)量，就檢出率而言近乎完整。我們對(duì)iScan系統(tǒng)極為滿意。BeadArray Reader和iScan系統(tǒng)之間基因型檢出的一致性為99%。這種度量證明了新系統(tǒng)在檢出基因型方面如何優(yōu)異。Human610-Quad BeadChip芯片還可以用在拷貝數(shù)變異分析上。在這方面，我們想了解Log R比值偏差。Log R是強(qiáng)度的衡量，人們用它來(lái)查看拷貝數(shù)變異。我們所看到的是兩種掃描儀都得到了質(zhì)量很好的Log R比值差異衡量，實(shí)際上iScan系統(tǒng)要更好一點(diǎn)，因此我們非常滿意。
您認(rèn)為iScan系統(tǒng)為研究人員提供了哪些優(yōu)勢(shì)?
我想說(shuō)iScan系統(tǒng)的是顯著降低了掃描時(shí)間。整一塊板上四塊Human610-Quad BeadChip芯片在iScan Reader中運(yùn)行，每個(gè)樣品大約耗時(shí)7分鐘，相比之下BeadArray Reader中每個(gè)樣品需要大約45分鐘。我想對(duì)大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室而言，掃描時(shí)間可能是的瓶頸。降低的掃描時(shí)間以及單個(gè)Infinium HD Beadchip芯片上4個(gè)樣品的組合讓研究人員真正提高了能力和通量。
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