排污許可證既是企業“自證守法"式環境管理的基本依據，也是主管部門“一證式監管"的主要依據。法律法規和標準的監管要求，通過排污許可證的核發，與企業內部的設備管理、運維管理、監控管理銜接起來，企業管理不合規，不再僅僅是內部事務，即使沒有造成超標排放或環境污染事件，也存在嚴重的法律風險。因此，排污許可證應當與企業環保制度深度融合。以下是排污許可合規管理的三大要點：
1.及時辦理手續。無證排污與不按證排污屬于嚴重的環境違法行為。造成此類問題的原因之一是企業沒有及時辦理排污許可的領證、登記、變更、延續和重新辦理。提醒三個小點：一是排污許可證是先領證后排污的，而非先驗收再領證的。二是超期未及時延續領證，也屬于無證排污，考慮到延續領證并非直接換證這么簡單，所以應當在有效期屆滿60日前向審批部門提出申請。三是發生變更時一定要及時，其中變更名稱、住所、法定代表人或者主要負責人的，應當自變更之日起30日內，向審批部門申請辦理排污許可證變更手續；發生新改擴建項目或者排污情況發生變化的，還需要重新申領排污許可證。
2.內部管理融合。排污許可證記載了十一大類的信息，提醒三個小點，一是重視證書管理，包括有效期延續管理，證書及時變更和重新辦理管理；二是項目變更管理，建設新改擴項目，變更產排污環節或者污染防治設施，變更排放口位置、數量、排放方式、去向，以及由于原輔料變化等原因導致排污情況變化時，應當及時辦理排污許可證的變更或者重新領證。三是按證管理，包括生產設施與污染防治設施在內的環境管理臺賬、自行監測、執行報告、信息公開等，必須嚴格按證管理，這里強調提醒各類臺賬、記錄、報告和公開的信息質量管理，如果存在記錄錯誤等問題，存在“按次處罰"的風險。
3.異常報告管理。企業發現自行監測數據超標等異常情況，必須及時如實報告。這里提醒三個小點：一是自行監測數據可以成為主管部門認定企業超標排污的證據，企業必須高度重視。二是一旦發現數據超標，應當立即采取措施消除、減輕危害后果，如實進行環境管理臺賬記錄，并報告生態環境主管部門，說明原因。超過污染物排放標準等異常情況下的污染物排放計入排污單位的污染物排放量。三是企業發現數據偏高時，不應當隱瞞不報，或者在未作整改和調查情況下，通過多次測試挑選數據報告，如果這樣的話可能監測數據弄虛作假等更加嚴重的違法行為。
