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人類腸道微生物
小鼠的新研究現在指出，真菌在腸道中起著重要作用-霉菌和酵母菌的菌群被稱為菌群-是宿主與飲食之間的主動界面。
伯明翰大學阿拉巴馬大學助理教授，醫學博士肯特·威利斯說：“我們證明健康小鼠的腸道菌群是受環境影響的，包括飲食，并且與代謝結果顯著相關。"該研究的結果發表在《通訊生物學》雜志上。“我們的結果支持腸道菌群在宿主代謝適應中的作用，這些結果對微生物組研究的設計和宿主代謝實驗研究的可重復性具有重要意義。"
威利斯和他的同事研究了小鼠小腸空腸中的真菌，小鼠小腸的空腸是小鼠腸道中真菌種類zui多的部位。他們發現，與以標準飲食喂養的小鼠相比，暴露于加工飲食(這種飲食代表典型的西方飲食中富含純凈碳水化合物)會導致真菌群落的持續差異，這與雄性小鼠體重的差異性沉積顯著相關。 。
研究人員發現，肝臟中的脂肪沉積，代謝活性組織的轉錄適應和血清代謝生物標志物水平均與真菌群落多樣性和組成的改變有關。來自兩個屬的真菌(嗜熱霉菌和釀酒酵母)的變異與代謝紊亂和體重增加zui密切相關。
研究人員還提出了一個基本問題：通過下一代測序檢測到的真菌生物是否來自飲食，或者它們是在腸道中定居并復制的真正的共生生物?他們比較了含有一些真菌的食物顆粒的測序，小鼠空腸的內容物表明空腸真菌是真正的共生菌。
該研究有一個巧妙的起點。研究人員從四個不同的研究動物供應商那里獲得了基因相同的小鼠。*，腸道細菌群落隨供應商的不同而顯著不同。類似地，研究人員發現空腹真菌生物群群的供應商差異很大，這是通過對內部轉錄間隔區rRNA進行測序而測得的。在基線時，來自供應商之一的小鼠具有五個*的真菌屬，而來自其他三個供應商的小鼠分別具有三個，兩個和一個*的屬。
他們還研究了細菌群落的組成，即細菌和真菌，并發現了較大的基線細菌群落差異。他們從zui初的真菌和細菌多樣性出發，測量了時間和飲食差異(標準化食物與高度加工飲食之間的差異)對真菌和細菌群落組成的影響。
