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    內參的選擇需要考慮實際的試驗環境，比如某些細胞中，由于組織缺氧、糖尿病等因素會導致GAPDH的表達增高，內參抗體種類很多，比如β-actin、β-tubunlin、GAPDH、Lamin B等，那么針對自己的實驗，我們該如何選擇呢?選擇內參抗體時，應該考慮目的蛋白分子量的大小。通常應該保證目的蛋白與內參蛋白分子量相差5KD以上。
1、哺乳動物的組織或者細胞樣本，通常選擇β-actin、β-tubulin、GAPDH、Lamin B、Histone H3、Na,K atpase等。
2、植物來源實驗樣本，則可以選擇plant actin、Rubisco等。
就一般的蛋白檢測來說，β-actin、β-Tubulin抗體等就可以了，而針對于核蛋白的定量，特別是樣本蛋白就是核蛋白時，選擇恰當的核蛋白內參則更能體現內部參照的價值。常用的核內參抗體有Lamin A、Lamin B、Histone H3，除此之外，其它常見的核蛋白內參還有PCNA、K70、K80等，在一些文獻報道中，Erk2、TATA binding protein(TBP)以及c-Jun、c-Fos等都有使用。而對于膜蛋白檢測，常用的內參抗體為Na,K ATPase。對于線粒體蛋白的檢測，常用VDAC1和COX IV作為內參抗體。