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不同的實驗使用的抗體也大為不同，根據試驗應用的類型、樣本蛋白的結構性質、樣本的種屬、抗體宿主的種類以及抗體的標記和檢測具體情況選擇zui符合實驗實際操作情況的單抗和二抗。一般抗體說明書都列出該抗體經試驗驗證過適用于何種分析類型，如：可以應用于WB  IHC  ICC  ELASA分析等，如果抗體說明書沒有提及的應用類型。

對于免疫組化而言，盡可能選擇與樣本不同種系物種的一抗，從而避免二抗與樣本內源性免疫球蛋白產生交叉反應，例如：檢測小鼠樣本蛋白，則不應選擇小鼠或大鼠源的一抗，選兔源的一抗，則二抗則可選擇偶聯了檢測分子（酶、熒光素、生物素等）的抗兔IgG。如果選擇有偶聯物的一抗則不適用上述情況，除免疫組化外的其它對不含內源性免疫球蛋白樣本的檢測方法，則抗體宿主物種的影響不大，如對不含IgG的細胞裂解物樣本的western blotting檢測，盡管如此，含有血清的組織裂解物和組織培養上清中含有免疫球蛋白，還原變性樣本中含IgG，在western blot檢測中則結合出現IgG分子50 and 25 kDa的重鏈和輕鏈條帶。

二抗的選擇
二抗應選用與使用的一抗相同的物種來源，例如：如果你的一抗是小鼠的單克隆抗體，二抗則選抗小鼠的二抗anti-mouse secondary。建議檢查二抗說明書確保該抗體適用于你的檢測應用， 二抗一般連接熒光素FITC或發光團。