在黃三文看來，基因組測序完成只是一小步，對海量數據的處理與運算才是更為重要的事情。
利用這些組織學資源，黃三文課題組發現了清香形成和苦味形成的侯選基因，特別是苦味形成的侯選基因發現為后來研究起到了重要的作用。
黃瓜的苦味是*造成的，這種苦味在果實中存在會影響品質和效益，但在葉片中存在能提高抗蟲性，減少農藥施用；同時，*是有希望的抗癌藥物，但難度大。因此，“苦味很重要。"黃三文說。
但是他們只有兩個線索。
一是2009年發現的染色體6上的Bi基因；二是2013年發現的染色體5上的Bt基因，這個基因是黃瓜馴化的主要基因。
但Bi和Bt是什么基因？苦味物質是怎么合成和調控的？野生黃瓜是怎么馴化的？為了回答這些問題，黃三文課題組的策略是大數據與分子生物學和生物化學。通過全基因組關聯分析，他們發現Bi就是催化氧化形成四環的葫蘆二烯醇合酶的基因；隨后又通過突變體發現了BI基因，其負責調控葉片的部位；利用BI他們又發現了Bt；利用BI和Bt發現了另外8個合成基因。
這個過程，傳統研究方法需二三十年才能完成，用大數據分析方法卻在5年內做到了。
黃三文介紹，這項研究有三個意義：揭示了黃瓜苦味形成的雙重調控機制，葉片里面由BI調控，果實里面由Bt調控，這樣就給無苦味黃瓜育種提供了新的方案；證明了存在一類主開關基因能夠直接調控次生代謝基因簇；為通過合成生物學批量和改造*用于抗癌藥物打開了一扇門。
這恰恰驗證了黃三文的“三層樓"黃金理論，即地基是基因組大數據，通過多學科交叉融合，搭建三層樓：*層是基因組大數據與蔬菜生物學，第二層是基因組大數據與蔬菜育種，第三層是基因組大數據與蔬菜品質和營養。“三層樓"借鑒了人類基因組項目科學家Francis S. Collins的“基因組學時代的藍圖"的思想。
在黃瓜基因組計劃取得成功后，黃三文和團隊又攻克了馬鈴薯、白菜、番茄和西瓜基因組，并在黃瓜和番茄變異組研究上也取得突破，為我國蔬菜基因組研究鋪就了結實的“地基"。像解決黃瓜的苦味生物學問題一樣，他們還和其他團隊合作，正在闡明多個農藝性狀的分子機理，這都將為蔬菜全基因組設計育種提供知識基礎。“我相信不久的未來，基因組學研究能為大家吃上‘放心菜’做出具體的貢獻"。
