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RPA技術試水二代測序的文庫制備

閱讀:736發布時間:2014-11-4

重組酶聚合酶擴增RPA被稱為是可以替代PCR的核酸檢測技術。RPA擴增的速度非常快,靈敏度高,對硬件設備要求低,而且不需要復雜的樣本處理。這樣的技術特別適合于體外診斷、獸醫、食品安全、生物防御、農業等領域。

大規模并行測序技術(即二代測序NGS)是基因組和遺傳學領域的一次技術革命。NGS自誕生以來,不論是測序規模還是測序效率都有了飛速的提升。盡管這一技術已經取得了巨大的成功,但有著堿基組成的基因組區域,對于目前的NGS平臺來說仍然是一個很大的挑戰。

不少重要的病原體都具有的堿基組成,比如瘧原蟲(高AT含量)和結核桿菌(高GC含量)。PCR擴增是標準的文庫制備程序,不過PCR會導致不均勻的讀取覆蓋度(特別是在富含ATGC的區域),zui終影響基因組的裝配和變異分析。而省卻PCR擴增的文庫制備方案,需要大量的初始材料,不適合處理從臨床上分離的樣本。為此,Wellcome Trust Sanger 研究所的研究團隊對測序文庫的制備進行了優化,找到了既適合低量樣本又耐受高AT含量的文庫制備方案。這項研究發表在2012年的BMC Genomics雜志上。

研究人員用非臨床和臨床分離物(含大約53%的宿主污染物)制備Illumina測序文庫,分別使用了不同的聚合酶、PCRRPA方法,并對測序結果進行了分析和比較。他們在此基礎上增強了高AT含量區域的測序覆蓋度,減少了堿基組成帶來的偏向性。


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