指紋考勤系統適宜的使用單位界定在：考勤人數少、且環境好的單位，比如政府機關，或100人以下且環境好的企事業單位，不然使用起來很勉強和難受，或起不到考勤的作用而廢棄。
指紋識別的民用技術目前還不成熟，真實的識別率在95%以下，也就是說100人中基本上有超過5個人的指紋識別不了，或者要反復識別。
目前的指紋考勤機均采取指紋識別+密碼識別相結合的方式，就是因為有較多的不能識別指紋的情況。
指紋識別技術目前對于：手指臟了、手指濕了、手指太干、手指脫皮（包括季節性脫皮）、手指破了……等等情況，都不能正常識別，而只能靠在考勤機鍵盤上按密碼的方式代替考勤識別簽到。
由于每個人都有事先設定好的備用密碼，所以只需要將自己的密碼告訴其他人，就可以幫忙代打卡了。這一點是使用單位由于信任了“能防止代打卡”的謊言后，而zui易忽視和想不到的問題存在。
為什么說指紋考勤只適合于小型單位使用呢，是因為兩方面的原因：
1）指紋識別對于感應卡刷卡的時間要長很多，以一個人站到考勤機前識別指紋到下一個人站過來開始識別作為一個人的識別周期，一般在6－7秒左右，也就是每個人在一次性識別都很正常的情況下，完成考勤簽到需要6秒左右，如果100個人哪怕是提前了5分鐘到達排著隊等候簽到，也需要600秒即10分鐘左右完成，也就是說，以100人計算，一個人本來提前了5分鐘來，zui正常的話，等自己簽到完成，早就遲到了，員工一定會有諸多怨言。
2）指紋考勤一般為了提高識別率，都要求每個人留不同手指的2-3枚左右的指紋檔案存到考勤機里，一枚不能識別時趕緊換用另一枚，這樣反復重試才能達到95%左右的識別率，而考勤機的指紋存儲容量是有限有，根據價格的高低不同，有700枚容量的，有1000枚容量的，也有更多容量的，我們以1000枚容量的來舉例，如果每個人存3枚指紋檔案，1000枚容量的除以3枚，則能容納的人數總共是300多人，但是zui正常的考勤時間就是：300人*6秒＝1800秒，也就是僅單次的簽到時間就是半小時以上才能結束，需要員工多早來上班，而下班又要多花多少時間來下班呢？所以，從這點上來說，考勤機的指紋容量只是個理論數據，讓您多花錢而已，在實際考勤的時候問題就大了。
指紋考勤機的關鍵部位，也是zui脆弱部位就是指紋膜，指紋膜時間用的越長，指紋識別率就越低，在沒有任何人為刮擦破壞的情況下，一片指紋膜一般在半年以后就越來越多的指紋不能識別或者需要反復識別，解決辦法是更換指紋膜，更換一片指紋膜需要好幾百元錢，不含在服務費內，是單獨收的材料費，一般半年至一年左右就要換一次，如果維修方說有人對指紋考勤有不滿情緒而在考勤時人為故意破壞，則更換的頻率就更高了，費用是相當高的。
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