熟悉氣相色譜儀操作的人都知道，它對雜質非常敏感，所以在使用的每一個環節都要考慮到是否將污染雜質帶入。當外來雜質進入儀器時，會出現兩種異常現象：一是放射源表面污染，會降低放射源的電離能力，使直流電壓和恒頻模式ECD基本電流降低或恒流模式基本頻率增加；二是雜質會直接俘獲儀器中的電子，使基本電流降低或基本頻率增加。這兩種情況都會導致靈敏度的下降。因此，這是一個非常"干凈"的儀器。在使用過程中，我們一定要時刻保持它的清潔。
氣相色譜儀在長期使用后，進樣襯里會有類似焦油的物質，這是由于樣品中的不揮發成分造成的。此外，還會有顆粒狀物質(隔板碎屑、樣品中的固體物質)的堆積，會干擾正常的分析工作。因此，需要定期檢查，及時清洗。需要注意的是，在內襯中填充硅化石英，不僅可以提高樣品的汽化效率，還可以防止雜物進入色譜柱內，造成堵塞，因此，在色譜柱內填充硅化石英，不僅可以提高樣品的汽化效率，還可以防止雜物進入色譜柱內，造成堵塞。
1.從色譜儀中小心翼翼地取出玻璃襯墊，用鑷子或其他小工具小心翼翼地將和襯墊中的雜物取出，取出過程中不要劃傷襯墊表面。
2.在條件允許的情況下，初步清洗過的色譜儀的玻璃襯板，可在有機溶劑中用超聲波清洗，干燥后使用。也可直接用丙酮、甲苯等有機溶劑進行清洗。清洗后的色譜儀，可在干燥后使用。
3.在溶劑中對分光板進行超聲波處理，干燥后使用。也可以選擇合適的有機溶劑清洗。
4.分板從氣相色譜儀的進樣口取出后，應先用甲苯等惰性溶劑進行清洗，然后用甲醇等醇類溶劑進行清洗、干燥。
