按照RNA分離操作方案在*移去水樣層后，勻漿中的DNA存在于中間層和苯酚層中也可以被分離出來。在沉淀和多次洗脫后，DNA溶解在8 mM NaOH中。用TRIZOL試劑從組織和培養細胞中*回收的DNA可以用來做樣品中DNA含量的測定。同時抽提的基因組DNA可以用于對Northern analysis的結果進行標準化，因為基因組DNA變異程度比總RNA或組織重量要小。[由于來源的不同，所得到的DNA沉淀在進一步應用前可能需要額外的純化步驟（例如苯酚抽提等等）。]

實驗所需但試劑未提供的物品：
* 酒精
* 0.1 M檸檬酸鈉（用10%酒精配制）
* 75%酒精
8 mM NaOH
如無例外，以下操作均應在15—30℃下完成。

1.DNA的沉淀
移除中間層上殘余的水樣層，用酒精從中間層和苯酚層中沉淀DNA。按zui初勻漿化時每1 ml TRIZOL加0.3 ml的無水乙醇，反復顛倒來混合樣品。然后將樣品置于15—30℃下2—3分鐘，再在2—8℃下以不超過2,000×g的離心力離心5分鐘沉淀DNA。
小心移除水樣層對抽提的DNA的質量至關重要。

2. DNA的洗脫
移除離心后苯酚層中的上清液，如有必要，可以將其保留用于抽提蛋白。用0.1 M檸檬酸鈉（用10%酒精配制）洗滌DNA沉淀兩次。按zui初勻漿化時每1 ml TRIZOL加1 ml檸檬酸鈉溶液。每次洗滌時洗滌液要和DNA沉淀在15—30℃下作用30分鐘（期間周期性混勻）再在2—8℃下以2,000×g的離心力離心5分鐘。在兩次洗滌完成后，用75%的酒精重懸DNA沉淀（每1 ml TRIZOL加1.5—2 ml75%酒精），在15—30℃下放置10—20分鐘（期間周期性混勻）然后再在2—8℃下以2,000×g的離心力離心5分鐘。
對于較大的DNA沉淀（> 200 μg）或樣品中含有較多的非DNA物質需要用0.1 M檸檬酸鈉（用10%酒精配制）溶液再洗滌一次。