由于植物在自然條件下，表面常被霉菌和細菌污染，故材料必須進行滅菌處理。一般用漂白粉溶液（1～10％）、次氯酸鈉溶液（0．5～10％）、升汞溶液（0．01％）、乙醇（70％）或過氧化氫（3～10％）等處理后，再用無菌水反復沖洗至凈，然后在無菌室內，將所取的組織迅速培養在固體培養基上。在適宜的條件下，受傷組織切口表面不久即能長出一種脫分化的組織堆塊，稱為愈傷組織（Callus），此種愈傷組織在適當的培養基上經一定時間即能誘導生長成整株植物，因此愈傷組織既可是某種植物代謝產物的來源，又是誘導成株的主要途徑之一。
在適宜的培養條件下，還可使愈傷組織長期傳代生存下去，這種培養稱為繼代培養。但在繼代培養中，不少植物培養的組織或細胞隨著再培養代數的增加，分化能力就逐漸降低甚至喪失，其原因可能是由于在培養過程中原有母體中存在的、與器官形成有關的特殊物質被逐漸消耗所致，因此可以用激素或改善營養條件使之恢復，也有認為是組織和細胞在長期培養中遺傳往的改變，主要是染色體的變化，出現大量多倍性或非整倍性細胞，這種改變恢復的可能住較小。不同的培養基可以使愈傷組織具有不同的生長速度，結構也可松可緊，利用這些特性可使之分散成為單細胞或很小的細胞團。要形成單細胞培養宜在較高鹽分、高生長素及高水解酪蛋白的培養基中進行，然后移入液體并經攪拌而分散成單細胞。也有用加入一些果膠酶的辦法，但一般來說要得到純一的單細胞是很少的。
在培養藥用植物選材時，還應考慮到所需要的次生物質在植物體中的合成部位，如果選材和培養方法適當，可使原植物內所產主的代謝物通過細胞或組織培養發生生化轉變而獲得。