DNA分子帶負電，從瓊脂糖凝膠的負極向正極泳動，速度依賴于其分子質量。小的緊密的DNA分子的較大伸展片斷容易穿過瓊脂糖介質。依據所要分離的DNA分子的大小來選擇瓊脂糖的濃度，例如質量濃度3mg/ml的瓊脂糖用來做DNA大片段電泳（ 20 000堿基）而0.8%只能電泳小的片斷。
要注意以下幾點：
1、 用移液搶將樣品加至點樣孔。每孔點樣的體積一般少于25ul，因此吸取每一個樣品時，操作要穩當且細心。ATCC細胞
2、 常加一定量的蔗糖來增加樣品的濃度，以使每個樣品停留在各自的點樣孔中。
3、 在樣品中加入水溶性的陰離子追蹤染料（如溴酚藍），用以看出樣品移動的距離。
4、 在一個或幾個孔中加入標準分子質量樣品，電泳結束后，根據已知分子質量的帶的相應位置可用來做出標準曲線。
5、 電泳一般是在追蹤染料泳動到膠的80%部位時停止。注意電泳期間，電泳槽蓋要安全蓋好，以防止液體蒸發，又可以降低電擊的可能性。ATCC細胞
6、 電泳結束后，將膠浸沒在1mg/L的溴化乙錠（EB）中，5min后即可看到DNA帶，EB通過插入在雙螺旋的配對核苷酸之間同NDA結合。另一種方法是電泳時，在膠中加入EB。
7、 在紫外燈下，由于EB發出強烈的橘紅色的熒光，所以可以看到DNA帶。利用這種方法檢測的界限是每條帶約10ng DNA。帶上塑料安全眼鏡可防止紫外光對眼睛的傷害?？捎贸咦觼頊y量每條帶至點樣孔的距離。同樣，利用特制的照相機和調焦器，也可以對凝膠拍照。
8、 如果要對某一條帶（如質粒）進一步分析，可用小刀將含該帶的凝膠切割下來，從帶中回收DNA。
其他注意事項：ATCC細胞
1、 瓊脂糖：不同廠家、不同批號的瓊脂糖，其雜質含量不同，影響DNA的遷移及熒光背景的強度，應有選擇地使用。
2、 凝膠的制備：凝膠中所加緩沖液應與電泳槽中的相一致，溶解的凝膠應及時倒入板中，避免倒入前凝固結塊。倒入板中的凝膠應避免出現氣泡，以免影響電泳結果。
3、 電泳緩沖液：為保持電泳所需的離子強度和pH，應常更新電泳緩沖液。
4、 樣品加入量：一般情況下，0.5cm寬的梳子可加0.5μg的DNA量，加樣量的多少依據加樣孔的大小及DNA中片段的數量和大小而定。當加樣孔大時，樣品上樣量應相應加大，否則會造成條帶淺甚至辯認不清；反之則應適當減少加樣量，但是上樣量過多會造成加樣孔超載，從而導致拖尾和彌散，對于較大的DNA此現象更明顯。
5、 DNA樣品中鹽濃度會影響DNA的遷移率，平行對照樣品應使用同樣的緩沖條件以消除這種影響。DNA遷移率取決于瓊脂糖凝膠的濃度，遷移分子的形狀及大小。采用不同濃度的凝膠有可能分辨范圍廣泛的，制備瓊脂糖凝膠可根據的范圍來決定凝膠的濃度。小片段的DNA電泳應采用聚丙烯酰胺凝膠電泳以提高分辨率
