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過去觀察到的干細胞于體內的分化現象可能只是來自于這些干細胞與體內一般的細胞融合而成。
這使得成體的干細胞有能力分化成為各種不同的組織此種理論遭到重大質疑，且暗示了干細胞作為治療手段時對健康影響的不確定性。
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近期有許多報告指出，從一個組織中取出的干細胞有能力分化為其它組織的細胞。
例如造血干細胞可能可以分化為神經細胞、肌肉細胞、心肌細胞等。科學界也對這些現象可能帶來的修復受損器官的醫療潛力非常感興趣。
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然而根據的證據顯示，這些觀察到的分化現象，可能只是來自于干細胞和體細胞融合，產生了帶有干細胞分子標志的體細胞，使得科學家誤以為是干細胞分化成了體細胞。
例如在報告中指出，將帶有GFP的腦細胞和胚胎干細胞一同培養，結果竟然觀察到了帶有GFP的胚胎干細胞，且這些細胞為四倍體，證實了融合的存在。
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不過雖然證明了融合的現象存在，但目前仍不知道這種現象在過去觀察到的干細胞分化現象中占多重要的地位。
然而，由于這些融合后的細胞帶有四套染色體且對個體健康的影響不明，因此這些結果也對那些想要將干細胞的潛力用于治療的人提出了一項警告：在真正應用于臨床以前，對干細胞的安全性問題還需要更多研究
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