在生物科技領域中，細菌有著廣泛的運用。細菌是一種單細胞生物體，生物學家把這種生物歸入“裂殖菌類”。細菌細胞的細胞壁非常像普通植物細胞的細胞壁，但沒有葉綠素。因此，細菌往往與其他缺乏葉綠素的植物結成團塊，并被看作“真菌”。細菌因為特別小而區別于其他植物細胞。實際上，細菌也包括存在著的zui小的細胞。此外，細菌沒有明顯的核，而具有分散在整個細胞內的核物質。因此，細菌有時與被稱為“藍綠藻”的簡單植物細胞結成團塊，藍綠藻也有分散的核物質，但它還有葉綠素。
人們越來越普遍地把細菌和其他大一些的單細胞生物歸在一起，形成既不屬于植物界也不屬于動物界的一類生物，它們組成生命的第三界——“原生物界”。有些細菌是“病原的”細菌，其含義是致病的細菌。然而，大多數類型的細菌不是致病的，而的確常常是非常有用的。例如，土壤的肥沃在很大程度上取決于住在土壤中的細菌的活性
細菌常見的幾種用途
1、發酵與生物復育
細菌通常與酵母菌及其他種類的真菌一起用于發酵食物，例如在醋的傳統制造過程中，就是利用空氣中的醋酸菌(Acetobacter)使酒轉變成醋。其他利用細菌制造的食品還有奶酪、泡菜、醬油、醋、酒、優格等。細菌也能夠分泌多種抗生素，例如鏈霉素即是由鏈霉菌(Steptomyces)所分泌的。
細菌能降解多種有機化合物的能力也常被用來清除污染，稱做生物復育(bioremediation)。舉例來說，科學家利用嗜甲烷菌(methanotroph)來分解美國佐治亞州的三氯乙烯和四氯乙烯污染。
2、益生菌
益生菌是指有益的細菌或真菌，其中乳酸細菌(Lactic acid bacteria,LAB)是zui重要的益生菌，其中包括乳桿菌(Latobacillus)、乳球菌(Lactococcus)、鏈球菌(Strepto?coccus)、腸球菌(Enterococcus)和雙歧桿菌(Bifidobacterium)等。大量的研究已證實，益生菌除了具有常規的預防和治療腹瀉、調節人體免疫力、預防癌癥等功能外，還具有降膽固醇、降血壓、抗氧化等功能。而且對人源益生菌的功能特性、益生作用機制、安全性、細胞自身的代謝、與疾病的關系等方面都進行了深入研究。
3、磁性菌的利用
磁性細菌對地磁敏感且能識別磁力線的方向，如對其性質巧妙地加以利用，就可做為微磁傳感器加以應用。或者將磁性細菌微粒子導入其他細胞，使得可以對細胞進行誘導。
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圖1.E。大腸桿菌HST08細胞儀染色™ 細菌活力測定試劑盒(Cat 22400)。細胞膜完整的活細菌顯示綠色熒光(左)，而膜受損的70%酒精殺死的死細菌(右)顯示紅色熒光。活的和死的大腸桿菌細菌細胞也出現在混合群體中(中)。
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