凝膠電泳是每個做分子生物學的研究者天天都要打交道的基本技術。電泳之后的信息處理與電泳本身同樣重要。
目前有大量軟件可以用于分析電泳結果,備受推崇的應該屬 Biorad 公司的 1D 凝膠分析軟件 Quantity One,其大的優點是可以*拋棄人為主觀因素進行全自動定量,同時它的很多功能滲透了艱深的數理理論以及概率統計的原理。
它的定量方式:
首先,根據不同電泳條帶的光密度值繪制光密度曲線,然后計算光密度曲線下的面積作為電泳條帶的定量根據;
其次,它能夠大程度地排除不同泳道之間的背景差異,讓各個泳道上的不同電泳條帶在一條幾乎相同的起跑線上進行對比。
執行步驟:
由于 Quantiy One 只能識別黑白的 TIF 文件,且發表論文時,很多雜志也要求提供 TIF 等格式的圖片;
因此,建議大家從一開始掃描就統一存儲為 TIF 格式的圖片。
步驟主要分為四塊,分別是創建泳道、不同泳道的背景排除、創建條帶、高斯建模與結果分析。
注意:
從理論上來說「Rolling Disk Size」的取值越小,它的去除背景效果越好,當然也不能取太小的值,個人感覺 5~20 是一個比較好的取值范圍。
我們可以對每條泳道依葫蘆畫瓢進行以上類似的背景排除工作。但有時候如果覺得可以使用同樣的標準,即相同的「Rolling Disk Size」進行排除,那么我們可以在「Lane Background Subtraction」對話框中選擇上方的「All Lanes On(same level)」選項。
然后在「Rolling Disk Size」中填上一個合適的值,點擊「Done」按鈕確認就可以了。此時,該電泳圖片上的所有泳道都以相同的標準進行了背景去除。
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