DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶（MTases）普遍存在于原核和真核生物中，能將 S-腺苷甲硫氨酸上的甲基轉(zhuǎn)移到腺嘌呤或者是胞嘧啶上。
當(dāng)使用限制性內(nèi)切酶消化 DNA 時，要考慮是否有甲基化的問題，這是因為如果識別序列中某個特定堿基被甲基化后，切割就會被*或者不*阻斷。
原核生物甲基化
在原核生物中，DNA 甲基化酶作為限制修飾系統(tǒng)的一個組成部分廣泛存在，它們的作用是保護宿主菌不被相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶切割。大多數(shù)實驗室使用的大腸桿菌包括三種位點特異性的 DNA 甲基化酶。
• 由 dam 基因（Dam 甲基化酶）編碼的甲基化酶能將甲基轉(zhuǎn)移到 GATC 序列中的腺嘌呤 N6 位點上（1，2）。
• 由 dcm 基因編碼的 Dcm 甲基化酶，能在CCAGG 和 CCTGG （1，3）序列內(nèi)部的胞嘧啶C5 位置上甲基化。
• EcoKI 甲基化酶，即 M.EcoKI 可將 AAC（N6A）GTGC 和 GCAC（N6A）GTT 上的腺嘌呤進行甲基化修飾。
如果限制性內(nèi)切酶的識別位點是從表達(dá) Dam或 Dcm 甲基化酶的菌株中分離而得，并且其甲基化識別位點與內(nèi)切酶識別位點有重疊，那么該限制性內(nèi)切酶的部分或全部酶切位點有可能不被切割。例如，從 dam+ E.coli 中分離的質(zhì)粒 DNA *不能被識別序列為 GATC 的 MboI 所切割。
E.coli 菌株中的 DNA 甲基化程度并不*相同。pBR322 DNA 能被*修飾（因此*不能被 MboI 切割），而 λDNA 只有大約 50% 的 Dam 位點被甲基化，這是因為在 λDNA 被包裝到噬菌體頭部之前，甲基化酶還沒來得及將 DNA *甲基化。因此，被 Dam 或 Dcm 甲基化*阻斷的酶卻能對這些 λDNA 進行部分切割。
被 Dam 或 Dcm 甲基化的限制性位點可以通過克隆 DNA 至 dam- /dcm- 菌株【如 dam- /dcm- E.coli 感受態(tài)細(xì)胞（NEB #C2925）】進行去甲基化。
如果出現(xiàn)重疊位點，內(nèi)切酶酶切也會被阻斷。在這種情況下，Dam 或者 Dcm 序列一部分來自內(nèi)切酶識別序列，另一部分為識別序列左右旁側(cè)的序列。在設(shè)計限制酶酶切時也應(yīng)考慮到這種情況。
真核生物甲基化
在高等真核生物（如 Dnmt1）中發(fā)現(xiàn)的 CpG 甲基轉(zhuǎn)移酶（CpG MTases），將甲基基團轉(zhuǎn)移至胞嘧啶殘基上的 C5 位點。
CpG 甲基化形式受遺傳因素的影響，具有組織特異性，并與基因表達(dá)相關(guān)。因此，我們推測 CpG 甲基化在基因分化和表達(dá)中起了一定的作用（4）。
注意：在消化真核基因組 DNA 時尤其要關(guān)注 CpG甲基化的影響。需要注意的是，一旦 DNA 被克隆到宿主菌中，將不存在 CpG 甲基化形式。