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免疫細胞吞噬
細胞間相互作用一直是免疫學中的熱點。免疫細胞可以吞噬靶細胞從而實現自我修復的功能，也可以通過受體配體結合實現不同細胞間的物質交換。由于傳統方法無法對單個細胞成像，因此細胞間相互作用的方式一直缺乏直觀有效地證據。在2009年4月16日，成功的證實了樹突狀細胞通過SKY耦合C型凝集素受體CLEC9A識別并吞噬壞死細胞，并且采用量化成像流式技術識別并量化統計的細胞吞噬的情況。
信號轉導
除了免疫細胞的吞噬之外，細胞間的相互作用還包括不同細胞通過配體受體的結合進行細胞間的信號轉導。zui常見的是獲得性免疫反應中，T淋巴細胞與抗原遞呈細胞之間免疫突觸的形成。在正常細胞中，與免疫突觸形成相關的蛋白淋巴細胞功能相關抗原-1（LFA-1），細胞表面抗原CD3，以及F-actin均勻分布在細胞表面；而當免疫突出形成時，這些蛋白在兩個細胞接觸的位置發生凝集。正是根據這一機制，2009年，成功的使用成像流式技術檢測到HEL多肽處理細胞可以促進免疫突觸的形成，由此也證明成像流式在檢測免疫突觸形成中*的優勢。
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